明治19年11月の北海道庁甲第13号漁業組合準則に基づき、同年『小樽郡漁業組合』(銭函から堺町まで)と『高島郡漁業組合』(色内から祝津まで)が設立され、明治24年2月両組合が合併し『小樽高島両郡漁業組合』となり業務を開始しました。明治26年10月には『小樽漁業組合』と改称、同36年には、漁業法に基づいた水産物検査を目的に『小樽水産組合』と改組しました。

これとは別に、漁業権亨有団体として、大正3年『高島郡漁業組合』が設立し、昭和10年に『保証責任高島郡漁業協同組合』と改称。大正7年には、銭函・朝里・張碓各村の漁業者が『小樽郡漁業組合』を設立、昭和10年『保証責任小樽郡漁業協同組合』と改称しました。また、大正12年には小樽市内漁業者による『小樽市漁業組合』が設立、この組合も昭和10年『保証責任小樽市漁業協同組合』と改称しました。その後、昭和15年の高島町と朝里村の小樽市合併により、昭和17年、保証責任小樽郡、高島郡両漁業協同組合を吸収合併し、小樽市を一円とする『保証責任小樽市漁 業協同組合』が結成されます。

昭和19年には、『小樽生鮮海産物加工業組合』を吸収合併して『小樽漁業会』が設立。同年12月『北海道水産業会(道漁連の前身)』から魚卸売市場を買収、その後結成された『小樽鮮魚介集出荷組合』が漁業会より離脱し、昭和24年には『小樽機船底曳網漁業協同組合』を結成しました。

昭和23年の水産業協同組合法により、翌24年、市内の漁業者・従事者・加工業者が一丸となって『小樽市漁業協同組合』を設立、小樽漁業会より財産と業務の一切を引き継ぎます。

昭和24年9月、市内の漁業者・従事者・加工業者が一丸となって『小樽市漁業協同組合』を設立。小樽漁業会より財産と業務の一切を引き継ぎ、同年10月より業務を開始します。昭和28年には製氷冷凍工場の建設に着手し、同年12月竣工と操業を同時に開始。また、事務所も同工場の2階に移設し、市場と製氷冷凍工場を中心に事業推進する体制を整えました。昭和41年には『小樽市忍路漁業協同組合』と合併が成立、現在に至っています。

平成7年には、老朽化と売り場の狭隘等から兼ねてより整備計画されていた、市場の全面改築と総合事務所竣工という念願を果たしています。